Shadow Empires uvodi novi koncept u igru - frakcije. Na početku igre igrač bira svoje pleme i frakciju. Postoji 5 frakcija. Svaka počinje na drugoj poziciji na karti:

Carstvo – u centru	Dinastija – na jugoistoku
Pobunjenici – na sjeverozapadu	Horde – na istoku
Maroderi – na sjeveru

U početku novi igrači određenih frakcija započinju u istoj regiji. Kada je regija popunjena novi igrači se pojavljuju u susednim, itd. Ne ovisi više od kvadranta ili udaljenosti od centra.

Regije

Frakcije ne samo što određuju početnu poziciju igrača, već uvode i novi nivo suradnje između igrača.

Regije sada osvajaju frakcije, a ne pojedinačni savezi. Sada frakcije i savezi pomažu u osvajanju regiona i dobivanju pobjedničkih bodova. Međutim, samo jedan savez može imati pristup drevnim moćima u regiji. Pogledajte članak o regijama i drevnim moćima za više detalja.

Igrači i savezi u frakcijama

Igrači biraju svoju frakciju na početku igre i ne mogu kasnije da promene svoj izbor.

Savez pripada frakciji igrača koji je osnovao savez i također ne može biti promijenjeno kasnije.

Međutim, igrači mogu slobodno pridružiti bilo kojem savezu. Čak i ako počenete igru kao pobunjenik, možete se pridružiti Hordi ili bilo kojoj drugoj frakciji.